Структура СП ООО «Сахалин-Шельф-Сервис» представлена несколькими подразделениями, которые находятся в разных географических точках, но все имеют единую централизованную систему Административного управления в г. Южно-Сахалинске. 

География работы предприятия давно вышла за рамки острова Сахалин: был получен опыт работы в Мурманске, Магадане, а также Японии и в Республике Куба.